交换留学更新在留被入管质疑

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今年9月末到日本东北大学做交换生，期限半年，在留下了一年。因为想考东京的大学院，报名了明年4月的语言学校想延长留在日本的时间。今天给入管打电话咨询变更所属学校时的手续时发生了如下对话:

东京入管:你就这样拿着大学发的留学签去读语言学校ちょっとあれなんですけど。而且我看你日语说的挺好的还去语言学校おかしいな。

仙台入管:从大学更换到语言学校的人很少，我们不保证你6月更新在留的时候一定通过哦。

因为东京的私立没有研究生这个制度，所以最好是能通过语言学校过渡一下，但今天给入管打完电话产生了疑惑。想请教一下各位前辈从交换大学的留学签换到语言学校，更新签证时会被拒签吗？