副指导教员刁难一直延迟毕业怎么办？

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   我在一所准一流的国立大学读修士，快毕业了，之前和副指导两人有些小摩擦没在意，谁知最后给我穿小鞋，论文怎么改永远不合格，那明显不是认真，明显是刁难。我报考了几个帝国大学的博士，一周后发表结果（心急提前想问问），大家都知道知道，博士很少有笔试，最大依据就是修士论文。如果我合格了帝大博士，能不能去校领导或研究科领导再或者大学のトラブル相談那里去告副指导刁难？虽然最好不要闹大，可以春季开学换新副指导，但花钱花时间，而且可能找不到新的副指导。我该怎么办？而且期间因为主指导生病已经延迟半年了。