“癸卯学制”规定的学校体系完全参照1900年日本的学校制度模式，由低到高从“蒙养院、初等小学堂(艺徒学堂)、高等小学堂(初等实业学堂、实业补习普通学堂)、中等学堂(中等实业学堂、初级师范学堂)、高等学堂(译学堂、高等实业学堂、大学预科、优级师范学堂、实业教员讲习所)、大学堂、通儒院”分为七级，而日本的学校制度也分为“幼儿园、初等小学校、高等小学校(职业学校、职业补习学校、艺徒学让)、中等学校(职业学校、师范学校)、高等或大学预科学校(专科学校、高等师范学校)、帝国大学、研究生院”等七级。高等教育制度也完全模仿日本，设了三级(高等学堂、大学堂、通儒院)，而同一时期的英、法、德、美等国家的高等教育一般只设本科及研究生院两级。除宏观的高等教育制度外，当时，每一所高等学堂内部的规章制度、课程设置、甚至房屋式样、学舍间数也参考了日本的样式。如，两江师范学堂设立前，总教习缪荃孙专门赴日考察，归国后主持设立的两江师范学堂的教学内容及形式，都仿自日本，课程除伦理学、经学、修身、历史等课外，其余均参照日本师范学校所设课程而行。“癸卯学制”的颁布实施，在中国近代高等教育史上，具有十分重要的意义，标志着中国封建高等教育制度的彻底崩溃和近代高等教育制度的开始确立。 中国高等教育制度完全模仿日本，使中国顺利建立了新式的高等教育体系。但由于当时日本的资本主义经济已发展到相当阶段，而中国资本主义经济刚刚起步，两国经济相差悬殊，兴办新教育的财力、所需人才的层次等自然也不相同，所以，当时脱离中国国情构建的高等教育体系，存在名不符实的现象。
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